十、上海市数量经济和运筹学研究所

二十五、分子医学教育部重点实验室

二十、医学神经生物学国家重点实验室

三十、智能信息处理上海市重点实验室

十九、专用集成电路与系统国家重点实验室

二十二、生物多样性与生态工程教育部重点实验室

三、原子能研究所

四十三、复旦大学医用高分子材料及器件研究开发中心

三十四、数学金融研究所

十五、分析测试中心

三十六、激光化学研究所

六、现代物理研究所

三十八、上海（国际）数据库研究中心

四十一、复旦大学起搏工程研究所

三十九、复旦大学神经生物学研究所

三十五、复旦－交－诺丁汉植物生物技术研发中心

四十六、复旦大学纳米技术发展中心

四十二、城市生态规划与设计研究中心

四十四、复旦大学同步辐射研究中心

十二、微电子学研究所

二、技术物理研究所

一、数学研究所

十六、遗传工程国家重点实验室

三十一、公共卫生安全教育部重点实验室

四十五、国家微电子材料与元器件微分析中心

八、材料科学研究所

七、电光源研究所

三十七、上海市现代应用数学重点实验室

十三、生物医学工程研究所

二十七、癌变与侵袭原理教育部重点实验室

十七、三束材料改性国家重点实验室

三十三、先进涂料教育部工程研究中心

二十九、分子催化与功能材料上海市重点实验室

二十六、医学分子病毒学教育部重点实验室

二十四、应用离子束物理教育部重点实验室

九、应用化学研究所

十一、计算机科学研究所

四十、复旦大学发育生物学研究所

二十一、聚合物分子工程教育部重点实验室

十八、应用表面物理国家重点实验室

二十八、近视眼研究卫生部重点实验室

十四、环境科学研究中心

二十三、非线性数字模型与方法教育部重点实验室

三十二、波散射与遥感教育部重点实验室

四、高分子化学研究所

五、遗传学研究所